7–8 juin 2018
Lyon
Fuseau horaire Europe/Paris

VIP : applications scientifiques, services et interopérabilité

7 juin 2018, 17:00
5m
INSA Amphithéâtre La Rotonde (Lyon)

INSA Amphithéâtre La Rotonde

Lyon

69622 Villeurbanne cedex France

Orateurs

Sorina POP (CNRS, Creatis) Axel BONNET ({CNRS}UMR5220)

Description

VIP (Virtual Imaging Platform) est un portail web (https://vip.creatis.insa-lyon.fr) pour l’imagerie médicale. VIP compte, en avril 2018, plus de 1000 utilisateurs enregistrés et une vingtaine d’applications. En utilisant des ressources de calcul et stockage distribuées, VIP offre à ses utilisateurs académiques des services leur permettant d’exécuter simplement et de manière distribuée des applications d’imagerie médicale. VIP vise à faciliter le déploiement des applications en tant que services, l’accès aux applications et aux ressources de calcul distribué, ainsi que le partage et la collaboration au niveau national et international. Pour répondre aux besoins des communautés au-delà du biomédical, une deuxième instance de VIP, appelée FG-SOL, a été déployée par France Grilles à l’IPHC (https://sbgsol.in2p3.fr/vip-portal).

VIP utilise l’instance nationale du service Dirac (https://dirac.in2p3.fr/DIRAC) déployée au CC-IN2P3 pour la soumission de jobs. VIP utilise aussi le système Boutiques pour faciliter le portage des applications et l’interopérabilité. Boutiques (https://github.com/boutiques/boutiques) est un référentiel d'applications qui permet l'import et l'échange d'applications dans les plates-formes d'analyse des données. Il repose sur des conteneurs Linux (Docker et Singularity) pour résoudre le problème de l'installation de l'application d'une manière légère et il utilise le format JSON pour décrire la ligne de commande à exécuter. VIP implémente l’API CARMIN, définie par les membres de l'infrastructure nationale France Life Imaging (FLI), pour permettre une meilleure interopérabilité entre les plateformes de traitement comme VIP et de stockage de données (par exemple, Shanoir).

Auteurs principaux

Sorina POP (CNRS, Creatis) Axel BONNET ({CNRS}UMR5220) Frédéric CERVENANSKY (Creatis) Pascal WASSONG (IPHC) Jerome Pansanel (IPHC - CNRS) Tristan GLATARD (Concordia University, Canada)

Documents de présentation