Orateur
Mathieu Bernard
(LPNHE)
Description
Snakemake est un outil de workflow management en Python, idéal pour automatiser des pipelines complexes et les déployer à l'échelle. Venant du monde de la bioinformatique, il se diffuse peu à peu dans notre communauté avec notamment des hackathons annuels organisés au Cern.
Après avoir présenté cet outil, j'illustrerai son utilisation sur un cas d'usage en cosmologie (traitement de ~600To de données par ~30k jobs), implémenté avec succès au CCIN2P3 dans le cadre de la collaboration ZTF. J'évoquerai enfin ses points forts et quelques limitations.
Auteur
Mathieu Bernard
(LPNHE)