Description
La biologie moderne a été révolutionnée par les progrès du séquençage de l'ADN. L'interprétation de l'information génétique contenue dans les génomes repose en grande partie sur l'analyse de l'évolution de leur séquence, par comparaison de différentes espèces (génomique comparative). Les calculs nécessaires à la génomique comparative (recherche de similarité de séquences, alignement de séquences, calcul d'arbres phylogénétiques, calcul des taux d'évolution) sont pour la plupart proportionnels au carré du volume de données à traiter. Du fait de l'immense quantité de données déjà disponible et de la vitesse d'accumulation de nouvelles données (le nombre de séquences publiées double tous les 18 mois), la génomique comparative nécessite désormais des ressources informatiques très importantes. Nous ferons le bilan de notre expérience de l'utilisation du centre de calcul de l'IN2P3 (depuis 2002) pour l'analyse comparative de génomes.
