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[ID de réunion : 655 9055 6788 - Code secret : 848256]
Connaître le statut et la dynamique de l’infection d’une population par le SARS-CoV-2 / COVID19 est un prérequis indispensable au choix et à la mise en œuvre d’une politique sanitaire efficace et économiquement soutenable. La stratégie de testing des patients symptomatiques permet d’avoir une image limitée et sous-estimée de l’épidémie. En effet, ce screening ne permet pas de prendre en compte les personnes asymptomatiques et pré-symptomatiques dont la contagiosité est établie et qui contribueraient à près de la moitié des contaminations. De plus, cette stratégie est difficilement soutenable d’un point de vu logistique et économique à l’échelle d’une région ou d’un pays. Une alternative permettant une évaluation plus globale de l’épidémie serait donc précieuse à nos décideurs.
La quantification du SARS-CoV-2 dans les eaux usées est un outil émergent d’évaluation de la dynamique d’infection d’une population. Les premières études suggèrent une corrélation entre le nombre de copies de génome viral dans les eaux usées et la prévalence de l’infection dans la population. De plus, le virus a été détecté dans les eaux usées avant l’apparition des cas d’infection graves dans les hôpitaux. La surveillance des eaux usées pour la présence du SARS-CoV-2 pourrait donc être un outil d’aide à la décision prédictif, peu cher et fiable de la survenue d’une épidémie dans une population.
Dans ce contexte, le consortium du présent projet a été lauréat en mai 2020 de l’appel à projet résilience Grand Est porté par la région Grand-Est ainsi que l’Agence Nationale de la Recherche. L’objectif de ce projet est de mettre en place un protocole d’analyse du SARS-CoV-2 dans les eaux usées pour une surveillance hebdomadaire des eaux usées de plusieurs stations du Bas-Rhin.
La pandémie est à l'origine de nombreux changements rapides, et a été un facteur d'accélération pour de nombreuses évolutions en cours. Ainsi, le télétravail, les visioconférences, les accès sécurisés à distance sont devenus la norme, non pas en quelques mois, mais en quelques jours. Pour que les services fonctionnent de manière optimale, les équipes informatiques des différents laboratoires et établissements se sont mobilisées avec agilité. La coopération et l'entraide se sont rapidement mis en place grâce aux réseaux humains existants.
Afin de soutenir la recherche médicale, la priorité des accès au moyen de calcul a été donnée aux communautés de chercheurs travaillant sur le SARS-CoV-2. De nouveaux pipelines d'analyse de données ont été mis en place au sein d'environnements de recherche virtuel (VRE) afin de faciliter l'accès à ces ressources au plus grand nombre. Enfin, des contributions ont également été faites sur des projets civiles, tel que l'application Instant Visio, pour la mise en relation des personnes hospitalisées avec leur famille.
L’équipe LSMBO de l’IPHC (PF protéomique PSGE-ProFI Strasbourg, FR2048 ProFI) a réalisé l’analyse protéomique du plasma et des cellules sanguines d’une cohorte d’une centaine de patients jeunes (< 50 ans) des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg présentant un syndrome de détresse respiratoire aigüe. L’objectif de cette étude était d’identifier des marqueurs protéiques, facteurs prédictifs de prédispositions en analysant plusieurs strates moléculaires incluant la génétique (génome), la transcriptomique (RNAseq), la protéomique (sérum et cellules) et la cytométrie en flux (populations cellulaires). La protéomique s’est avérée un outil de choix dans cette étude en permettant une catégorisation non ambiguë des patients COVID+ placés en soins intensifs, versus COVID+ et COVID-. Cette étude est le fruit d’une collaboration strasbourgeoise entre l’unité INSERM UMRS_1109 (Prof. Seiamak Bahram, Dr. Mirjana Radosavljevic, Prof. Raphael Carapito, Dr. Christiane Moog), le service de réanimation du Nouvel Hôpital Civil NHC (Prof. Fehrat Meziani, Prof. Julie Helms), le laboratoire de virologie (Prof. Samira Fafi-Kremer) et le LSMBO (Dr. Christine Carapito, Aurélie Hirschler, Dr. Leslie Muller, Dr. Sarah Cianférani).
Par ailleurs, le LSMBO Strasbourg a participé à la caractérisation multi-omique d’organoïdes cérébraux infectés par le SARS-COV2 afin de déterminer d’éventuels impacts de l’infection sur le système nerveux central. Ces travaux ont été menés en collaboration avec l’équipe du Dr. Raphael Gaudin (Institut de Recherche en Infectiologie de Montpellier).
En parallèle, le LSMBO (Dr. Oscar Hernandez-Alba, Dr. Christine Schaeffer-Reiss, Dr. Sarah Cianférani) a également été sollicité par le service de réanimation du site Hautepierre des Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (Prof. F. Schneider, HUS Strasbourg) afin de mettre en évidence des modifications structurales de l'hémoglobine de patients infectés par la COVID-19. Ce sont cette fois-ci les compétences en analyse de protéines entières par spectrométrie de masse structurale en conditions natives et dénaturantes qui ont permis d’appréhender l’intégrité structurale et la capacité de fixation de l’hème de l’hémoglobine.
