Training software PCIe400

9 juin 2022, 09:00 → 10 juin 2022, 15:00 Europe/Paris

Lien Zoom

jeu. 9 juin

1 Introduction

Orateur: Renaud Le Gac (CPPM CNRS/IN2P3)

1_Introduction.pdf

Environnement de développement

2 Git et GitLab

Orateur: Renaud Le Gac (CPPM CNRS/IN2P3)

Serveur de développement

• 10.10.0.6
• Répertoire par personne / binôme : formation_pcie400/userN ou N=1, ...

Projet GitLab dédié à cette formation

https://gitlab.in2p3.fr/legac/p400-model

Les raccourcis git

• Recommandons d'utiliser les raccourcis clavier à définir dans le fichier /home/me/.gitconfig

[user]
    name = Prénom Nom
    email = nom@mylab.in2p3.fr
[alias]
    co = checkout
    br = branch
    ci = commit
    st = status
    lo = log --oneline --decorate
    rso = remote show origin

• Ne pas oublier de configurer son nom et son adresse email

• Ils sont actifs sur le serveur

git branch → git br
git checkout → git co
git log → git lo
git status → git st
git remote show origin → git rso

• Mais aussi :

$ git pull
$ git push

Se connecter sans mot de passe

• La méthode privilégiée pour interagir avec les dépôts git est SSH.
• Aide pour configurer votre clef SSH

3 p400-model -- épisode 1

Orateur: Renaud Le Gac (CPPM CNRS/IN2P3)

2_anatomie_p400_model.pdf

pip.conf

Installer le projet GitLab p400-model

Comment installer p400-model dans son environnement de développement est détaillé dans la documentation du projet README/install ou p400-model/docs/install_stable

La suite est adaptée à la configuration du serveur que nous utilisons pour cette formation

Activer python3.7

• Dépend de votre distribution
• Recommandé d'utiliser python 3.7 ou ses successeurs
• Semble fonctionner aussi avec Centos7 et python 3.6.8
• Recommandé d'utiliser les instructions de base et de se limiter à celles de Python3.7

$ conda deactivate
$ conda activate py37

Préférer pyenv à conda si la version native de python est trop ancienne.

Cloner le projet GitLab

$ cd formation_pcie400/userN
$ git clone https://gitlab.in2p3.fr/legac/p400-model.git

Préférer un clonage via SSH (pas possible ici)

Créer un environnement virtuel et l'activer

$ python -m venv venv
$ source venv/bin/activate

Mettre à jour pip et le configurer pour accéder aux packages du projet PCIe40

(venv) (py37) $ pip install -U pip

• Copier le fichier pip.conf dans le répertoire formation_pcie400/userN/venv

(venv) (py37) $ cp ../../pip.conf venv/

Installer les packages PyPI requis pour le dévelopement

(venv) (py37) $ cd p400-model
(venv) (py37) $ pip install -r requirements-dev.txt

Tester l'installation

(venv) (py37) $ pip list | grep p400rw  → 0.3.1
(venv) (py37) $ pip list | grep pyftdi  → 0.54.0

(venv) (py37) $ python
       import p400rw as rw
       print(rw.read)

Anatomie du projet GitLab p400-model (pdf)

Le package p400rw

• Permet d'accéder à un bus I²C à travers un contrôleur FTDI
• Opération de lecture et d'écriture
• Documentation du package

Contrôleur FTDI

• Des commandes sont disponibles pour lister les contrôleurs FTDI connectées au serveur :

$ ftdi_urls.py

• Documentation du package PiPY pyftdi: https://eblot.github.io/pyftdi/

 

09:50 Pause Café

Exercice

4 Présentation Module DC/DC

Orateur: Paul Bibron (Aix Marseille Université, CNRS/IN2P3, CPPM, Marseille, France)

20220609_LTM46xx_intro.pdf

5 Présentation module PLL

Orateur: Jean-Pierre Cachemiche (Aix Marseille Univ, CNRS/IN2P3, CPPM, Marseille, France)

PLLs.pdf

6 Développement d'une classe pour lire ou écrire les valeurs

Discussion sur le code

12:30 Repas

Flux et méthodes de development

7 Flux de dévelopement

Orateur: Renaud Le Gac (CPPM CNRS/IN2P3)

Flux de développement

1. Étudier la fiche technique du composant
2. Discuter avec les développeurs hardware des méthodes les plus utiles
3. Préparer un brouillon de la classe python avec uniquement la signature des méthodes et leurs documentations (i.e Ltm46xx)
4. Itérer avec les développeurs hardware
5. Développer le code python en appliquant les règles de nommages et les normes de codage
6. Développer les tests unitaires pour valider le code python
7. Intégrer le module et ses tests dans le projet p400-model

8 Flux GitLab

Orateur: Renaud Le Gac (CPPM CNRS/IN2P3)

3_GitLab_CI.pdf

4_GitLab_History.pdf

Flux GitLab

Créer une issue dans GitLab

•  Créer une issue et la documenter (composant, référence à la fiche technique, mécanisme d'héritage, etc) :

Gitab > Issue > New issue

• Remplir le Titre et la description.
  Le titre et la description doivent être compréhensibles
   
• Cliquer sur le bouton Create issue
  Garder en mémoire le numéro de l'issue, i.e 123.
  Il est aussi visible à travers la liste des issues
   

Créer une branche dans son environnement de développement

• le nom de la branche commence par le numéro de l'issue, i.e 123-si5394
  Le nom doit être compréhensible, chaque mot séparé par un tiret ou un underscore

$ cd p400-model
$ git co master
$ git pull
$ git co -b 123-si5394
$ git push --set-upstream origin 123-si5394

Créer un module pour le composant et un module pour les tests unitaires

$ cd p400-model/src/p400model
$ touch si5394.py

$ cd p400-model/tests/
$ touch test_si5394_1000.py

Développer simultanément la classe et les tests des méthodes

• Très régulièrement, à chaque étape, commit et push du code dans GitLab

$  cd p400-model/src/p400model
$ git add si5394.py
$ git ci -m"Update si5394.py to add the method part_number"
$ git push

$  cd p400-model/tests
$ git add test_si5394_1000.py
$ git ci -m"Update test_si5394_1000.py to add tests of Si5394.part_number"
$ git push

Appliquer les normes de codage

• Commit et pousser votre code dans GitLab
   
• Pour obtenir un état des lieux :

$ cd p400-model
$ isort --diff src
$ black --diff --color src
$ flake8 src

• Modifier le code automatiquement :

$ cd p400-model
$ isort -v src
$ black -v src

• Les violations des règles PEP8, identifiées par flake8, doivent être corrigées à la main. Une technique est de configurer l'IDE pour les détecter lors du codage.
   
• Vérifier une dernière fois le code, pousser le code dans GitLab

Créer un merge request dans GitLab

GitLab > Merge requests > New merge request

• Sélectionner la branche source, 123-si5394 et celle de destination, master
  Cliquez sur Compare branches and continue
• Compléter la description pour expliquer ce qui a été fait
• Vérifier que la description se termine par :  Close #123
• Vérifier que la case Delete source branch when merge request is accepted  est cochée
• Cliquer sur le bouton Create merge request
   
• Quand le merge request est accepté par GitLab, il sera regardé par un membre d'une autre équipe qui aura la charge de l'accepter ou de discuter avec vous d'améliorations à apporter.

Intégration Continue dans GitLab (pdf)

• Les scripts d'Intégration Continue démarrent dès qu'un merge request est créé.
   
• Vérifie que les imports sont classés par groupes et par ordre alphabétique (isort)
• Vérifie que le code est formaté selon les standards du moment (black)
• Vérifie que les règles PEP8 sont satisfaites (flake8)
• Vérifie que l'historique de GitLab est limpide (pdf)
   
• Si l'un de ces tests échoue, le merge request est rejeté.
  Il reste actif en attente de correction.
   
• L'état des scripts d'intégration Continue sont visibles dans :

GitLab > CI/CD > Pipelines
GitLab > CI/CD > Jobs

• Corriger le code dans la branche de travail, puis pousser les modifications dans GitLab
  Les scripts d'intégration sont exécutés à nouveau.
   
• Si le merge request échoue, car l'historique n'est pas limpide, il faut rebaser ma branche de travail par rapport à la branche master

$ cd p400-model
$ git co master
$ git pull
$ git remote show origin
$ git co 123-si5394
$ git rebase master
$ git push --force

Cette dernière opération est délicate. Il faut prendre des précautions quand plusieurs développeurs travaillent sur la même branche. Il faut alors les prévenir en leur demandant de mettre à jour leur copie et de régler les confits qui pourraient apparaitre.

Mettre à jour la branche master

• Quand le merge request est accepté et fermé :

$ git co master
$ git pull
$ git remote show origin
$ git br -d 123-si5394

9 Application le flux GitLab sur l'exercice

10 Les nomes de codage

Orateur: Renaud Le Gac (CPPM CNRS/IN2P3)

Les normes de codage du code Python (PEP8)

Références

https://pep8.org/

Nom des modules

Nom court en minuscule
L'underscore peut être utilisé si il améliore la lisibilité

Nom des classes

Utiliser la convention CapWord

Nom des méthodes et des fonctions

Nom en minuscule
L'underscore peut être utilisé si il améliore la lisibilité

Nom des variables

En minuscules avec un underscore pour séparer les mots
Le nom de la variable doit faire sens pour un non-expert

Nom des constantes

Défini au niveau du module
En majuscules avec underscore pour séparer les mots, i.e MAX_OVERFLOW

Les chaînes de caractères

Entre double quote, i.e "Hello"

Mise en forme du code

• Pris en charge par les outils isort et black
   
• Longueur de la ligne est limitée à 79 caractères
• Indentation est de 4 espaces (pas de caractères TAB)
   
• Deux lignes blanches avant la définition d'une classe ou d'une fonction
• Une seule ligne banche avant la définition d'une méthode

11 Les docs string

Les docs string

• Chaque module, classe, méthode et fonction sont documentés.
• Le système d'intégration continue de GitLab, génère automatiquement la documentation quand une version est publiée
   
• Cette documentation est publique. Elle est disponible à l'adresse  https://in2p3-readout400.pages.in2p3.fr/software/p400-xyz/ pour le projet GitLab p400-xyz
   
• Exemple : le module p400rw.fdti.py
• Pour chaque projet, voir docs/devguide/docsting.md
   
• La langue est l'anglais

Exception

Pas de doc string quand :

• l'objet n'est pas exposé
• la fonction / méthode est très courte ou évidente

Documenter le module

"""
* Wrapper around the ``pydfti`` packages.
* Read and write to device connected to an I²C bus.
  The bus is managed by an FTDI controller.

* Documentation: https://eblot.github.io/pyftdi/

Note:

    * The best way to import read / write functions in your python code,
      is the following::

                import p400rw as rw
                value = rw.read(master, slave, register)

    * In the current release, it uses the I²C bus via an FTDI device.
    * In the future, read and write operations can be done via different paths:
      FTDI, Jtag, PCIe, etc.
    * The selection of the path will be performed by the syntactic
      sugar ``import p400rw as rw`` as well as by an environment variable.
    * Signature for ``read`` and ``write`` functions will stay the same and
      don't depend on the path.

"""

Documenter une classe et son constructeur

class ExampleClass(object):
    """The summary line for a class docstring should fit on one line.

    The __init__ method may be documented the class level docstring.

    Note:
        * Do not include the `self` parameter in the ``Args`` section.
        * Multiple line are supported for the description of parameters

    Args:
        param1 (str): Description of `param1`.
        param2 (int, optional): Description of `param2`.
            Multiple lines are supported.
        param3 (list(str)): Description of `param3`.

    """
    def __init__(self, param1, param2, param3):

Documenter une méthode ou une fonction

def read(
    master_url, devadd, regadd, master=None, readlen=1, relax=True, start=True
):
    """Read a register content.

    Args:
        master_url (str):
            URL of the FTDI master: ftdi://:232h:FT0FMF6V/1

        devadd (int):
            address of the slave on the I²C bus

        regadd (int):
            slave register address to read from

        master (pyftdi.i2c.I2cController)
            master controlling slave

        readlen (int):
            count of bytes to read out

        relax (bool):
            whether to relax the bus (emit STOP) or not

        start (bool):
            whether to emit a start sequence (w/ address)

    Returns:
        bytes

    Raises:
        pyftdi.i2c.I2cIOError

    """

Autres exemples

• https://www.sphinx-doc.org/en/master/usage/extensions/example_google.html

Utilisation des commentaires dans le code

• Les commentaires dans le code ne sont pas publiés dans la documentation
• Ils ont là pour aider le lecteur à comprendre un passage difficile
• Afin de faciliter la lecture, éviter les commentaires inline :

      x = x + 1                 # Compensate for border

12 Application les normes de codage sur l'exercice

15:40 Pause café

13 Organisation du software

Orateur: Renaud Le Gac (CPPM CNRS/IN2P3)

5_software.pdf

Organisation du software (pdf)

Projets GitLab: https://gitlab.in2p3.fr/in2p3-readout400/software

 

14 Discussion p400-rw

6_p400_rw.pdf

Discussion p400-rw

Le problème (pdf)

Approche envisagée

• Un RPM par chemin d'accès avec les drivers :

p400-rpm-ftdi
p400-rpm-pcie-intel

• Un module python par chemin d'accès avec les fonctions read, write et close

p400-rw/
    src/p400rw/
        fdti.py
        pcie_intel.py

• Une variable d'environnement qui définit le chemin, avec une valeur par défaut PCIe:

$ export P400_RW="FDTI"

• La logique de sélection des fonctions dans le module __init__.py

import os

P400_RW = os.environment["P400_RW"]

if p400_RW == "FDTI":
    from .fdti import close, read, write
else:
    from .pcie_intel import close, read, write

• Signature d'une fonction read :

def read(controller, device, register, hwarg1=None, kwarg2=True):

Les keyword arguments dependent du chemin.
Les valeurs par défaut couvrent l'utilisation usuelle.

15 EDI Pycharm

Orateur: Renaud Le Gac (CPPM CNRS/IN2P3)

Environnement Développement Intégré PyCharm

• Pour développer des codes complexe, il est recommandé d'utiliser un Environnement de Développement Intégré (EDI)  plutôt qu'un simple éditeur de texte et une console.
   
• Pour projet le p400-model, utiliser les outils avec lesquels vous êtes à l'aise.
   
• Au CPPM, nous utilisons PyCharm CE qui pourrait vous simplifier la tâche :
   
  • Éditeur de code python
  • Gestion de Git et GitLab
  • Exécution de test unitaire et d'outils externe
  • Débogage
  • Vérification orthographe et grammaire anglaise
  • Rendu des pages écrites en MarkDown
  • etc

Installer PyCharm

• Espace utilisateur
• Installer PyCharm via la ToolBox de JetBrain

Nombre de caractères maximum par lignes

File > Settings > Editor > Code Style > Python:  Wrapping sand Braces

Hard wrap at 79
Ensure that right margin is not exceed

File > Settings > General > Editor > Appearance

Show hard wrap and visual guide

Indentation 4 espaces

File > Settings > Editor > Code Style > Python:  Tabs and indents

Numéro des lignes

File > Settings > General > Editor > Appearance
Show line number

Orthographe et grammaire

 File > Settings > Apparence > Editor > Natural Languages

Règles PEP 8

• Actif par défaut

 File > Settings > Apparence > Editor > Inspections: python

Organisation des projets

p400/          
    p400-model/
    p400-xyz/  
    venv/      

Configurer python et son environnent virtuel

File > Settings > Project: p400 > Python Interpreter → p400/venv/bin/python

Configurer les outils externes (isort, black, flake8)

File > Settings > Tools > External Tools

Program: $ProjectFileDir$/venv/bin/isort
Arguments: $FilePath$
Working directory: $ProjectFileDir$

ven. 10 juin

Pytest

16 Introduction Pytest

Orateur: Renaud Le Gac (CPPM CNRS/IN2P3)

Tests unitaires avec pytest

Référence :  https://pytest.org/en/7.1.x/

Le code pour les tests

p400-model/
    tests/

• un module par composant, i.e test_si5394_1000.py
• une fonction par méthode

Importer la classe du composant Si5394 dans le module de test

from p400model.si5394 import Si5394

Convention de nommage

• module:

test_composant_ijkl.py ou ijkl = 1000, 2000, 3000, etc

• fonction:

def test_composant_method_iuvw() ou uvw = 001, 002, ..., 999

Tester une méthode d'un composant

• module test_si5394_1000.py

from p400model.si5394 import Si5394

def test_si5394_part_number_1001():
    pll = Si5394(controler, device)
    value = pll.part_number()
    assert value == "5394"

• NOTE : il est possible de mettre plusieurs assert par fonction
• Exécuter le test

$ cd p400-model
$ pytest

Tester deux méthodes d'un composant

import pytest
from p400model.si5394 import Si5394


@pytest.fixture
def pll():
    return Si5394(controler, device)


def test_si5394_part_number_1001(pll):
    value = pll.part_number()
    assert value == "5394"


def test_si5394_is_locked_1002(pll)
    assert pll.is_locked()

• Les fixtures peuvent dépendre d'autres fixtures. Elles sont aussi paramétrables (https://pytest.org/en/7.1.x/how-to/fixtures.html)

Tester une exception

import pytest
from p400model.exception import P400ModelException


def test_si5394_my_method(pll):
    with pytest.raises(P400ModelException):
        pll.my_method(port=4)
   

La liste des tests

$ cd p400-model
$ pytest --collect-only -q

Filtrer les tests

https://docs.pytest.org/en/7.1.x/how-to/usage.html#usage

$ cd p400-model
$ pytest -k si5394_part_number
$ pytest -k 1001

$ pytest -k test_si5394
$ ...

Print pour comprendre ce qui se passe

import logging

def test_si5394_part_number_1001(pll):
    value = pll.part_number()
    logging.debug(f"part number: {value}")
    assert value == "5394"
 

• Pour voir les messages de type debug et au-delà:

$ cd p400-model
$ pytest -k 1001 --log-cli-level DEBUG
 

• Le niveau de logging :

CRITICAL 50
ERROR    40
WARNING  30
INFO     20 (défaut)
DEBUG    10
NOSET     0

• En cas de problèmes

$ cd p400-model
$ pytest -k 1001 --tb auto

17 Exercice

18 p400-model -- épisode 2

p400-model -- épisode 2

Guide développement

• Tous nos packages python ont un Guide de développement
• Écrit en Markdown, il est accessible à partir de GitLab ou directement dans le code

via le README
Access directe : devguide

$ cd p400-model
$ more README

$ cd p400-model/docs/devguide

• Le Markdown est aussi interprété par PyCharm

Unité de mesure

• Unité de base du système international (Ampère, Hertz, Volt, Watt, °C, etc)

Héritage

• Des composants de la même famille, mais avec quelques variations, i.e. Ltm4677 et Ltm4681
• La classe Ltm46xx contient les méthodes communes aux deux composants
• La classe Ltm4677 hérite de la classe Ltm46xx.Elle contient les méthodes qui lui sont spécifiques

from .ltm46xx import Ltm46xx

class Ltm4677(Ltm46xx):
    def my_method(self):
        ...

• Idem pour la classe Ltm4681

Fonctions communes à plusieurs composants

• Essentiellement des fonctions de conversions
• Concentrées dans le module p400model/tools.py

Les exceptions

• En cas de problème, une exception est toujours générée
• Soit une des exceptions du langage python ou P400ModelException

from .exception import P400ModelException

class Ltm46xx:

    def part_number(self):
        ...
                         if error:
            msg = "bla bla"
            raise P400ModelException(msg)

Manipuler les adresses des registres

• Définit l'adresse dans la méthode, ne pas utiliser de constante

def part_number(self):
    value = rw.read(0x67)

Méthodes status et info ?

• La méthode status est optimisée pour extraire tous les paramètres vitaux ou tous les paramètres en une seule fois
• Le résultat est retourné sous la forme d'un dictionnaire
• Exemple de nommage des clés :

v_in_12v
v_out_0.9v
i_out_0.9v_0
f_240mhz_0
pn

• la méthode info print le status (user friendly)

from pprint import pprint

...
def info(self):
    pprint(self.status())

10:40 Pause café

19 Les composants à développer

Orateur: Paul Bibron (Aix Marseille Université, CNRS/IN2P3, CPPM, Marseille, France)

20220609_component_list.pdf

Trouver les datasheet des composants sur boxIN2P3

boxIN2P3:/PCIe400/documentation/datasheet

20 Organisation et plans

12:10 Repas

Hackathon